از سوی دیگر علی مطهری در طی دوران فعالیت خود در مجلس یا فعالیت‌های دیگرش نشان داده که به آزادی تا به آنجا اعتقاد دارد که ضرری متوجه منافع ملی نباشد و مرزهای قرمز پذیرفته شده در کشور را رد نکند. او در عین این ملاحظات بارها برای آنچه خدشه دار شدن آزادی‌های به رسمیت شناخته شده در قانون نامیده اعتراض کرده است که بخشی از انتقادات او در مناظره‌ای که میان او و محمدحسین قدیری ابیانه کارشناس عالی امور استراتژیک برگزار شد، آمده است.

اعتبار مینو خالقی چه شد؟
در بخشی از این مناظره قدیری ابیانه با اشاره به صحبت‌های چندی پیش علی مطهری پیرامون ابطال آرای مینو خالقی بیان داشت: ایشان صحبتی داشتند که باید صلاحیت خانم مینو خالقی پس از انتخابات در مجلس بررسی شود، حال سؤال من این است که اگر این اتفاق می‌افتاد ایشان اعتبارنامه خانم خالقی را تأیید می‌کردند؟

علی مطهری در پاسخ به سؤال قدیری ابیانه اظهار داشت: طبق قانون اگر بعد از رای مردم اسنادی علیه یکی از منتخبان پیدا شود باید بیاید در مجلس تا درخلال بررسی اعتبارنامه‌ها آن اسناد نیز بررسی شود؛ در این زمینه معتقدم خلاف قانون عمل شده است. 

نماینده مردم تهران در مجلس ادامه داد: طبق قانون انتخابات، شورای نگهبان ۲۰ روز پس از اظهارنظر هیأت مرکزی نظارت نظر قطعی و نهایی خود را در خصوص تأیید یا رد صلاحیت داوطلبان به وزارت کشور اعلام می‌کند بنابراین نمی‌تواند مجددا یک نفر را رد صلاحیت کند چراکه نظر خود را داده و نمی‌تواند ۲ نظر بدهد. 

در این قسمت قدیری ابیانه مجددا سؤال خود از مطهری را مطرح کرد و گفت: بر فرضی که اعتبارنامه ایشان به مجلس می‌آمد شما چه رایی می‌دادید؟ مطهری در پاسخ به قدیری ابیانه بیان داشت: اگر اعتبارنامه خانم خالقی در مجلس بررسی می‌شد من به ایشان رای مثبت می‌دادم به خاطر اینکه یک خانمی که متدین و معتقد به حجاب است و خودش هم پژوهشگر قرآن است اگر جایی اشتباه کرده و یک‌بار، دو بار، سه بار جایی بی‌حجاب هم بوده اشکال ندارد؛ الآن آمده اصلاح کرده، معتقد به حجاب است و سیره‌اش سیره یک زن مسلمان و مؤمن است و ما حق اینکه آبروی او را ببریم نداریم. 

نماینده مردم تهران در مجلس افزود: مگر بقیه نماینده‌ها قبل از دوره نمایندگی‌شان اشتباهی نکرده‌اند، مگر خود شما هیچ اشتباهی نکرده‌اید؟ این روش اسلامی دارد، ممکن است فردی یک‌جایی اشتباه کند، توبه کرده است.

گلشیفته فراهانی توبه کند اشکال ندارد
قدیری ابیانه در این بخش خطاب به مطهری گفت: بلانسبت خانم خالقی اگر گلشیفته فراهانی نیز توبه کند شما به او نیز رای می‌دهید؟ مطهری در پاسخ قدیری ابیانه گفت: اگر حتی خانم گلشیفته فراهانی هم توبه کند هیچ اشکالی ندارد و می‌تواند برگردد به دامان اسلام البته این را باید از فقها سؤال کنیم ولی فکر می‌کنم هر گناهی قابل توبه کردن است.

قدیری ابیانه در جواب مطهری اظهار داشت: بله، توبه خانم گلشیفته فراهانی را می‌پذیرم می‌گویم برگرد، ولی در حکومت نمی‌توانی باشی، نماینده مجلس نمی‌توانی باشی، می‌گوییم همه در برابر قانون برابرند در اجرای قانون که برابر نیستند کسی با چنین سابقه‌ای قاضی نمی‌تواند باشد ولی اگر در برابر قاضی قرار گرفت قاضی نباید بین او و حاکم فرقی بگذارد. 

وی ادامه داد: ضمن اینکه قانون اساسی، تفسیر قانون را بر عهده شورای نگهبان گذاشته است، حالا من اینجا سؤال دیگری می‌پرسم اگر کسی با مدرک دیپلم با مدرک جعلی در انتخابات ثبت‌نام کرد و رای آورد، بعد مشخص شود که مدرک او جعلی بوده است موضوع ارجاع شود به مجلس، مجلسی‌ها هم بگویند قبول است این فرد در مجلس باشد در حالی که قانون می‌گوید شرط نمایندگی مجلس فوق‌لیسانس است، آیا چنین فردی می‌تواند در مجلس نماینده باشد.

شناخت درستی از شهید مطهری ندارید
این کارشناس عالی امور استراتژیک درباره نقل‌قول علی مطهری از آیت‌ا... جنتی گفت: آن چیزی که آیت‌ا... جنتی گفتند این است که ممکن است در مجلس نمایندگان جناحی رای دهند، هم‌حزبی خود را به او رای دهند نه چون حق با اوست چون هم‌حزبی آنان است، بنابراین، این موضوع، موضوعی نیست که بخواهد به مجلس سپرده شود؛ به خصوص اینکه ایشان خودش را محجبه و پژوهشگر قرآن معرفی کرده است. 

قدیری ابیانه افزود: من فکر می‌کنم اگر شهید مطهری هم جای شورای نگهبان بودند همان رایی را می‌دادند که آیت‌ا... جنتی داد. مطهری در ادامه در پاسخ به قدیری ابیانه بیان داشت: اینکه گفتید اگر شهید مطهری بودند همین رای آیت‌ا... جنتی را می‌دادند نشان می‌دهد که شناخت درستی از شهید مطهری ندارید. 

نماینده مردم تهران در مجلس افزود: اینکه می‌گویید فردی با مدرک تقلبی بیاید و رای بیاورد و بعدا مشخص شود، تصمیم درباره چنین فردی نیز توسط مجلس خواهد بود، قانون این را می‌گوید اگر به قانون احترام می‌گذارید، قانون این را می‌گوید.

وی افزود: ما درباره شرایط نامزدها که بحثی نداریم، مگر کسی گفته که هر کسی با هر شرایطی می‌تواند نامزد شود که شما چنین مساله‌ای را عنوان می‌کنید. خودتان موضوعی را مطرح و خودتان جواب می‌دهید اصلا بحث در اینجا نیست، بحث در نحوه احراز شرایط است که وقتی می‌گویند باید فرد اعتقاد و التزام عملی داشته باشد این را چگونه احراز کنیم. بحثی که الان داریم این است که این نظارت استصوابی را زیاد گسترش داده‌ایم.